该所主要从事部队平、战时常见传染病防治研究。该所设有细菌学、病毒学、免疫学、流行病学、消毒学、媒介生物与防治、药物化学、药理学研究室和全军微生物检验中心，有中国科学院院士1人。获得国家和军队科技成果奖200余项。该所在微生物快速检验和诊断、传染病病原学和流行病学、消毒学、媒介生物学及其防治、疟疾防治药物研究等领域取得了突出的成绩。主办《中国消毒学杂志》和《寄生虫与医学昆虫学报》等全国性刊物。